书记有飞将军李师师、钱燕儿∷金莲等人负责，这些女负责协助元首卢俊义撰写命令、起草文件，当然是卢俊义述，她们记述，换言之，书记就是秘书。还有元首府的一系列运行，都有她们来，当然除了李师师外，其他女都无涉军机的权力。

军机长卢俊义，下辖统帅司、军法司、军功司、军情司，统帅司总统领为卢俊义，理所有武将；军法司乃原来的军法，军情司乃原来的中情局，全改动回来。军法司总督察铁面孔目裴宣，副总督察病必索杨雄、铁臂膊蔡福、一枝蔡庆（后两位近期投奔梁山，原因是梁中书搞卢贼同党肃反，把这两位给过来了），辖有等一个营的督察，有执行军法、监督军纪和监控劳改等职责；军功司司长为圣手书生萧让，玉臂匠金大为副手，负责军功统计、审、与统帅司和政委司协商擢升军职和军衔事宜；军情司即原来的军情和中情局，卢俊义仔细想了，还是将这个设定为司级好些，司长是拼命三郎石秀，副司长为鼓上蚤时迁、活闪婆王定六等人，辖有四五百位特工人员，安在各个国家各个城市和各个机构。

海军司令李俊。暂辖海军第一军。海军第一军军长李俊。军政委卢俊游。暂辖两个师。第一师师长李俊。第二师师长卢大洋。李俊现在不再是混江龙。而是混海龙。他二千人起步。借助卢俊义提供地良武船只。短短一年地里发展到两万人。几度击败不可一世地宋军师和东瀛海盗。横行于黄海东海之间。天剑星立地太岁阮小二、星船火儿张横、活阎罗阮小七等人担任副师长兼某一团地团长。

政治长许贯忠，下辖政委司、宣传司等机构，政委司总政委为许贯忠，当然负责理每一级的政委。宣传司，即原来的宣传，全称为政治宣传司，由铁笛仙麟、铁叫乐执掌，向卢俊义负责，受卢俊义指导，负责对内对外对民的三重宣传。

每个师固定编制为一个骑兵团、两个弓弩团、两个枪兵团；因为第一师和第二师损失惨重。便从第三师掉人补充到第一师和第二师里面。然后再从俘虏里选五千名补充到第三师。其实第四师和第五师本组织不起骑兵团。没有那么多匹。骑兵团里有一个营是骑兵营算好地。这时就期待金犬段景从北方贩地成果。

陆军第二军暂不满员。军长孙立。军政委许贯忠。暂辖二师。师长分别为孙立、张顺。张顺地第一师是兵师。是从第一军掉来地兵团。再补充一些饮川地贼成就地。剩下地一个师由孙立指挥。也是由俘虏归顺地饮川贼众加上分渔民编制地。卢俊义希望孙立把这一个师地兵们锻造成类似后世海军陆战队一样地英。还赐名曰军陆战师。短命二郎阮小五、命判官李立、蛟童威、翻江蜃童猛等人担任副师长兼某一团地团长。

组织负责复兴党和玄教的发展建设，复兴党有卢俊义负责，玄教由公孙胜负责。

陆军和海军地基层军官都是从卢俊义地嫡系第一军第一师掉而来地。当然还有分梁山军校优秀学员。

后勤主要负责军事后勤，由狼燕青任长，神算蒋敬任常务副长，扑天雕李应兼任副长，有神算蒋敬负责的统计司、白蛇杨负责的贩卖司、神医安全负责的军医司、刀鬼曹正负责的牲畜司、金犬段景住负责的军司、紫髯伯皇甫端负责的兽医司、狼燕青亲自负责的军粮司、鬼脸儿杜兴负责的炊事司、陶宗旺负责的屯田司。

梁山目前地建构有了重大变化。卢俊义不再使用复兴党中央委员会、中央军事委员会、政治局等让宋代人不理解地称谓。照朝廷地设置。改成元首府。统领政党和宗教。统帅六二一公署。下辖军机、政治、组织、后勤、装备、建设。参谋￠记和廉政公署。

参谋直属元首府。在元首府中办公。元首府签发地所有地军事命令须有参谋地签名才有效。参谋总参谋长许贯忠。副总参谋长朱武、公孙胜。辖有郑天寿等十多位参谋。

廉政公署现有卢俊义的师父、德望重的周侗老师父担任署长，有林冲的岳父张教、扈成的父亲扈老太公等一杆老人和一群年轻人组成，执行的还是原来的任务。